Die Thurgauer Sammlung von Orts- und Flurnamen wurde 1951 begonnen. Seit 1979 wurde an diesem Projekt intensiv gearbeitet, zehn Jahre lang wurden Orts- und Flurnamen in den Gemeinden durch Sprachwissenschafter erhoben, mit einer Beschreibung der Örtlichkeit und einem genauen Eintrag in einen Vermessungsplan. Ab 1992 war das Thurgauer Namenbuch ein Nationalfonds-Projekt. Insgesamt wurden 30.000 Namen erforscht und es befinden sich 225'000 historische Belege in der Datenbank. Das Projekt wurde mit einer mehrbändigen Publikation abgeschlossen:

Eugen Nyffenegger und Oskar Bandle (in Zusammenarbeit mit Stefan Sonderegger, Jargo De Luca, Uwe Moor und Martin Graf): Die Siedlungsnamen des Kantons Thurgau. Frauenfeld 2003. 2 Bände, gebunden.
1. Halbband: Einführung und historisches Namenlexikon A-I.
2. Halbband: Historisches Namenslexikon K-Z und Verzeichnisse. Herkunft und Bedeutung der Namen der Ortschaften, Weiler und Höfe im Kanton Thurgau.

Eugen Nyffenegger und Martin H. Graf. Die Flurnamen des Kantons Thurgau. Etymologisches Flurnamenlexikon. Verzeichnis und Dokumentation der Flurnamen des Kantons Thurgau. Frauenfeld 2007. 4 Bände, gebunden.
Band 2.1: Einführung und Sachlexikon zu namengebenden Motiven.
Band 2.2: Etymologisches Flurnamenlexikon.
Bände 3.1 und 3.2: Verzeichnis und Dokumentation der Flurnamen des Kantons Thurgau.

Für seine Verdienste auf dem Gebiet der Thurgauer Namenforschung wurde Eugen Nyffenegger 2008 mit dem Jahrespreis der Henning-Kaufmann-Stiftung zur Förderung der deutschen Namenforschung auf sprachgeschichtlicher Grundlage ausgezeichnet.